北京大学的前身京师大学堂成立于1898年12月，当时的京师大学堂既是中国的最高学府，也是中国最高的教育行政机关。
1912年5月京师大学堂改名为北京大学。
1916年12月，蔡元培先生出任校长，实行“兼容并包”的方针，使北京大学的面貌发生了根本的变化。到1919年，北京大学发展成为一所拥有14个系、2000多名学生的大学，是当时全国规模最大的高等学府。
1919年中国爆发反帝反封建的“五四”运动，北京大学是“五四”运动的发祥地。“五四”时期，北京大学是中国新文化运动的中心，是马克思主义在中国传播的最初基地。中华人民共和国成立后，学校决定以5月4日为校庆纪念日。
抗日战争时期，北京大学曾先后南迁长沙和昆明，与清华大学、南开大学，共同组成西南联合大学，抗战胜利后于1946年迁回北平。
当时的北京大学有文、理、法、医、工、农六个学院和一个文科研究所，学生总数为3，000人。1952年全国进行院系调整，北京大学从沙滩迁到燕园，逐渐成为一所侧重于基础科学教学和研究的文理科综合大学。到1962年，在校本科生已达到10，671人。研究生280 人。
1966年开始的“文化大革命”给北京大学带来了深重的灾难。1977年，随着高考制度的恢复，北京大学进入了一个新的发展时期。1984年，学校设立研究生院，研究生教育进入蓬勃发展阶段。
