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南宋末年，丽江木氏先袒将其统治中心从白沙移至狮子山麓，开始营造房屋城池，称“大叶场”.
南未责佑元年（公元1253年），木氏先袒阿宗阿良归附元世袒忽必烈。实佑二年（公元1254年），在“大叶场”设三谈管民官，其建制隶属于茶罕章管民官.
元至元十三年（公元1276年），茶罕章管民官改为丽江路军民总管府；
元至元十四年（公元1277年），三跋管民官改为通安州，州治在今大研古城；
明洪武十五年（公元1382年），通安州知州阿甲阿得归顺明朝，设丽江军民府，阿甲阿得被朱元璋皇帝赐姓木井封为世袭知府；
明洪武十六年（公元1383年），木得在狮子山麓兴建“丽江军民府衙署”；
清顺治十七年（公元1660年），设丽江军民府，仍由木氏任世袭知府；清雍正元年（公元1723年），朝廷在丽江实行“改士归流”，改由朝廷委派流官任知府，降木氏为土通判；
雍正二年（公元1724年），第一任丽江流官知府杨铋到任后，在古城东北面的金虹山下新建流官知府衙门、兵营、教授署、训导署等，并环绕这些官府建筑群修筑城墙；
乾隆三十五年（公元1770年），丽江军民府下增设丽江县，县衙门建于古城南门桥旁；民国二年（公元 1912年），丽江废府留县，县衙门迁入原丽江府署衙内；
民国三十年（公元1941年），在丽江设云南省第七行政公署及丽江县政府；
1949年，设丽江专员公署及丽江县人民政府；
1961年，设丽江纳西族自治县；
1986年，国务院公布为中国历史文化名城；
1997年，被列入“世界文化遗产名录”；
2007年8月联合国教科文组织授予丽江“亚太地区遗产保护优秀奖”。